回到真新镇没多久，小智便因为大木博士的委托，踏上了前往橘子群岛的旅程，佐助则因为大木博士得到了一枚未知神奇宝贝蛋，所以便留在了研究所帮助大木博士对这枚蛋进行培育，没有和小智他们一起行动。
其实主要是因为橘子群岛实在是没什么意思，佐助不想去那里度假，正好大木博士得到的那枚蛋佐助也很有兴趣，所以他便自动留在了这里，因为他能够感知到那枚蛋的生命力已经快要消失了，如果没有他相信大木博士可能会束手无策的。
至于这枚蛋是什么神奇宝贝的？其实里面是一只电飞鼠，不过可能是因为闪光并且没有得到良好照顾的缘故，所以这只导电飞鼠现在的情况非常不好，不过因为早就想得到一只导电飞鼠了，所以佐助便向大木博士要来了这枚蛋，大木博士对佐助还是很了解的，所以毫不犹豫的将这枚蛋交给了佐助，因为他对这枚蛋已经束手无策了，现在还不如将这枚蛋交给佐助，至少这枚蛋还可以存活下来。
抱着这枚蛋回到了自己的房间，佐助便立刻将温和的灵气注入到这枚蛋内，缓缓的增加这蛋内的灵气浓度，并且还要小心防止伤到神奇宝贝，经过五个小时细致的补充，这枚蛋内的神奇宝贝终于成功的度过了危险期，生命力已经恢复到正常的水平了，接下来佐助便不再注入温和的灵气了，而是将周围的灵气进行聚拢，然后再注入蛋内，以这样的方式帮助蛋内的神奇宝贝吸收灵气。
因为经历了不少的痛苦和磨难，所以这只闪光电飞鼠的性格比较坚毅，本来应该已经出生了的它，因为先天不足和险恶的环境导致它快要夭折的时候，佐助给了它活下去的希望，而电飞鼠也没有让佐助失望，它成功的活下来了。
不过佐助可没打算现在就让电飞鼠降生，所以佐助安抚下了有些急躁的电飞鼠，而是给予了它充分的时间调养自身的情况，并且佐助还将它收进了自己的体内世界，放置在了灵气最浓郁的位置上。
经过了几天的调养，电飞鼠的情况已经发生了翻天覆地的变化，它体内的灵气终于达到了现阶段的极限，于是佐助便不再对它进行压制，并且帮助它出生了，并且因为电飞鼠是没有进化型的神奇宝贝，所以佐助便在它出生后，将它体内的灵气压缩成了固态。
现在佐助的怀里就多了一只很萌的电飞鼠，带着电飞鼠佐助来到了客厅，然后他就被大木博士缠上了，佐助最后没能磨过大木博士，将电飞鼠交给他进行了一次全身体检。
结果让大木博士很是震惊，因为它现在的数据是这样的：
种族：电飞鼠
性别：雌性
性格：稳重
特性：电气引擎
等级：1级
亲密度：255
种族值：428
个体值：658
体力：100（55）
攻击：115（75）
防御：100（60）
特攻：115（75）
特防：100（60）
速度：128（103）
电飞鼠出生后没多久，小刚就被花子带了过来，佐助知道小智在橘子群岛的旅行也已经接近尾声了，果然佐助训练好电飞鼠后没多久，小智和小茂就相继回到了研究所，训练家见面后应该做什么？当然是来一场对战啦！
佐助以沙奈朵对战小茂的月精灵，电飞鼠对阵小智的宝宝暴龙，结果这两场逆属性的对战都以佐助的胜利而告终，看着被佐助完虐小智和小茂二人，大木博士和小刚他们很是同情，不过接下来佐助的话就让小刚和小霞笑不出来了，因为佐助让他们拿出水精灵和波士可朵拉与自己的风速狗对战，并且佐助表示如果它们的成长不能让自己满意的话，那么小刚和小霞就要受到自己的地狱特训。
小刚和小霞理所当然的被完虐了，但是对于波士可朵拉和水精灵的成长佐助还是十分满意的，所以就放过了紧张不已的小刚和小霞，经过这次对战，原本还有些低迷的小刚也恢复了心态，小智和小茂这对宿敌则准备来一次对战。
至于结果自然是小智输了，虽然小智已经进步了很多，但是他和小茂比起来还是差很多。
被宿敌击败让小智低迷了不少，但是他很快便振作起来了，并且决定要去cd联盟进行挑战，于是佐助便和小智一起上路了，不过该说不愧是小智啊！明知道自己是不可能战胜佐助的，但是对于和佐助一起旅行，一起挑战道馆却没有任何的意见，这不得不让人感叹。
佐助一行人到达若叶镇后，他们先是带着gs球拜访了空木博士。
然后便是火箭队的武藏将小锯鳄带走的事件了，热血少年小智自然要去帮忙啦！佐助知道这次的事件很好解决，并且他还有自己的事情要去处理下，所以就和小智他们说明情况后，先去找乔伊小姐完成了登记，没有跟着小智他们。
并且这次来cd地区，佐助还有一个目的，那就是找到洛奇亚的族群，并且从它们那里得到一些洛奇亚的蛋。
其实对于cd联盟，佐助并没有太大的兴趣，因为这里的冠军是渡，四天王也是佐助熟悉的存在，和他们对战佐助已经不怎么感兴趣了。
因为来到了若叶镇，所以佐助还是要去见见这里的水君族群，之前他从水君的族群带走的蛋，现在已经完全成长起来了，并且当时水君族长甚至还将自己的孩子托付给了佐助，所以现在佐助要带着那个孩子去见见它母亲。
于是佐助便骑着血翼飞龙，来到了水君族群的位置，没多久他的身边便围满了水君，它们都是那些蛋的父母，知道它们在担心什么，佐助便将体内世界的水君全部放了出来，让它们和自己的父母见见面，看到佐助培育的水君，它们的父母眼底不禁带上了些许谢意，因为它们的孩子已经完全超越了它们，所以他们对佐助还是十分感谢的。所以当佐助离开的时候，他的体内世界又多出了不少的水君蛋。
见过了水君以后，佐助便直接回到了神奇宝贝中心，在那里等待着小智他们回来。