佐助和小智一行人在cd地区旅行着，他们这次的旅行同样刺激非常，在经历了不少刺激的旅行后，他们遇到了一个追逐急冻鸟的摄影师阿彻，然后他们便跟随着阿彻来到了一处雪山。
之后他们便遭遇了难得一见的暴风雪，不过他们被急冻鸟发现并拯救了，能够见到传说中的急冻鸟阿彻很激动，佐助很兴奋。
之后佐助便找了一个机会和急冻鸟说明了自己的目的，没多久他就从这只急冻鸟这得到了几枚蛋，这些蛋的情况有些糟糕，所以才会有着这样的数目，不过对佐助来说却刚刚好。
接下来佐助对这些蛋进行了处理，然后便将处理好的它们收进了体内世界，方便它们成长。
因为佐助对神奇宝贝的颜值和实用程度有着要求，所以一些实力强悍，但却不符合佐助审美的神奇宝贝，佐助就没有将它们纳入自己的体内世界。
并且还有一些神奇宝贝，即使是佐助也没有发现他们的踪迹，不过因为知道和小智一起旅行就可以遇到，所以佐助就没有花费时间刻意的寻找。
现在佐助已经收获了急冻鸟，接下来他的目标是洛奇亚，所以佐助对漩涡列岛就更加期待了。
辞别了阿彻后，佐助一行人又开始了精彩万分的旅行，在旅行的途中发生了不少的事情，不过对佐助而，这些事实在是没什么让他感觉困难的，这里就不一一赘述了。
随着时间的推移，佐助他们来到了漩涡列岛的赤岩岛，这里正在举行漩涡列岛大赛。
于是佐助和小智小霞一起报名参加了比赛，之后佐助便将自己身上的神奇宝贝进行了更换，思来想去佐助最终决定以美纳斯，水精灵和水君来参加这次的比赛。
很快佐助他们的比赛就开始了，这次佐助没有打算派出美纳斯和水君，而是打算看看自己体内世界培育水精灵的实力。
果然经过两次比赛后，佐助便闯进了决赛，而另一个对手则要在小智和小霞中决定，可能是出于自己的恶趣味，佐助便告诉小智和小霞，他们中输的那一个要经历自己的地狱特训，结果就造成了小智和小霞在比赛的时候拼尽了全力。
最终还是小智输掉了比赛，看着神情颓丧的小智，佐助楼出了灿烂的笑容，看到佐助的笑容，小智的身体都不禁抖了抖。
在决赛的时候，佐助派出了水精灵，结果小霞最终竟然用三只精灵和佐助的水精灵同归于尽了，于是佐助不得不拿出了美纳斯，这才获得了比赛的胜利，对于小霞的进步，佐助还是十分满意的。
……
马上就是洛奇亚事件了，所以为了以防万一，佐助便将身上的神奇宝贝进行了置换，他现在带着的神奇宝贝是血翼飞龙，烈咬陆鲨，伊裴尔塔尔，哲尔尼亚斯，超梦和索尔迦雷欧，佐助相信有了它们的帮助，火箭队绝对不会给自己带来什么麻烦的。
果然没多久，佐助他们就遇到了和小洛奇亚成为朋友的小银，并且佐助也发现了火箭队的踪迹，佐助皱了皱眉头，以自己的神识再次扫描了附近的情况，果然没多久就遇到了洛奇亚妈妈，通过神识和它说明了现在的危险情况后，洛奇亚妈妈便怒了，然后以最快的速度赶了过来，并且同时在水底攻击了火箭队的潜艇。
可惜火箭队好像早有准备，没多久他们竟然通过一些装置捕获了洛奇亚，通过神识观察了事情经过的佐助对此很是无奈。
看着挣扎的洛奇亚妈妈和悲伤的小洛奇亚，佐助满头黑线的拿出了索尔迦雷欧和超梦的精灵球。
之后发生的一切，让所有看到的人都震撼不已，在佐助的超梦与索尔迦雷欧合力下，所有火箭队很快便都失去了战斗能力。
将洛奇亚救出来以后，佐助便将自己的要求悄悄告诉了洛奇亚，紧接着佐助便看到了洛奇亚眼底那无限的惊喜。
原来洛奇亚之所以不能一只陪在自己孩子的身边，就是因为她还有另外的几枚蛋要照顾，它们和小洛奇亚是一起出生的，但是现在它们的情况却十分的不好，因为洛奇亚妈妈不想放弃自己的孩子，所以才一直耗费自己的能量，以此来拖延那几枚蛋的死亡。
现在知道佐助可以救活它们，洛奇亚妈妈怎么可能不开心呢！并且通过它和索尔迦雷欧的交流，洛奇亚妈妈现在十分确信佐助可以救活自己的孩子，并且为了孩子的未来，洛奇亚妈妈还准备和那只小洛奇亚一起进入佐助的体内世界。
对于这只小洛奇亚，说实话如果让佐助收服的话，他是绝对不会同意的，并且它连进入佐助体内世界培育的资格都没有，不过因为洛奇亚妈妈的祈求，佐助还是准备对它进行培育，不过佐助打算等它成长起来以后再放它离开。
目送洛奇亚母子离开后，佐助便将火箭队的成员全部绑了起来，然后静静的等待着君沙的到来。
……
之后佐助便对小智进行了地狱特训，至于结果如何，从每次其他人谈起地狱特训，小智的身体就不停的抖动就可以看出来了。
经过了漩涡列岛大赛，接下来就是白银大会了，佐助决定以电飞鼠，风速狗，美纳斯，沙奈朵，路卡利欧和血翼飞龙的阵营参赛。
并且佐助送给小智的宝宝暴龙现在已经可以进化了，在佐助的帮助下它成功的进化为怪颚龙，它的个体值也达到了极限数据。
接下来就是万众期待的白银大会了，结果佐助和小茂在三十二强的时候相遇了，最后小茂完全败给了小智。
最后还是佐助夺得了白银大会的冠军，并且佐助因为始终都没有派出第二只神奇宝贝，所以外界对佐助至尊的称号更加认可了。
结果白银大会，小智他们的组合也即将解散了，最终他们在前往真新镇的路口处分别了。
佐助和小智一起回到了真新镇，小刚和小霞则各自回到了自己的家，旅行的第一阶段暂时结束了。